Ο Κανελλόπουλος επιτέθηκε στο ΚΚΕ γιατί ίδρυσε το ΕΑΜ με λαϊκό πολιτικό μέτωπο με ευρεία βάση. Αυτό το χαρακτήρισε λάθος μεταφορά της προπολεμικής τακτικής των μετώπων και της πολιτικής και κοινωνικής διαμάχης στις συνθήκες της κατεχόμενης χώρας. Γι΄ αυτό αρνήθηκε να προσχωρήσει στο ΕΑΜ.
Η Αντίσταση κατά τον Κανελλόπουλο έπρεπε να γίνει με μικρές μυστικές οργανώσεις, που θα είχαν ως φόντο ολόκληρο το λαό. Όπως έκανε ο ίδιος με την ΠΕΑΝ και το δίκτυο κατασκοπίας που δημιούργησε. Η ΠΕΑΝ βέβαια έγινε μια σχεδόν μαζική οργάνωση την Αθήνα. Αυτό συνέβη όταν ο Κανελλόπουλος είχε φύγει.
Ο Κανελλόπουλος είχε την ακριβώς αντίθετη τακτική από εκείνη του ΕΑΜ. Το κατηγόρησε ότι δεν απευθύνθηκε στα πολιτικά κόμματα και τη στρατιωτική ηγεσία, ώστε να συνιδρύσουν το ΕΑΜ, αλλά τους έφερε προ τετελεσμένων γεγονότων. Αυτό όμως δεν ισχύει. Το ΚΚΕ είχε κάνει προτάσεις για συνίδρυση του ΕΑΜ στους πολιτικούς ηγέτες, οι οποίοι όμως αρνήθηκαν. Με τον Κανελλόπουλο είχαν επαφή τον Δεκέμβρη του ’41, όταν πια το ΕΑΜ είχε ιδρυθεί. Όσο για τη στρατιωτική ηγεσία φαίνεται εκτός πραγματικότητας να πήγαινε ο Θανάσης Χατζής ή κάποιο άλλο στέλεχος του ΚΚΕ που μόλις είχε επιστρέψει από την εξορία στον Παπάγο, να συζητήσει μαζί του και να τον πείσει να γίνει συνιδρυτής στο ΕΑΜ.
Είπε και κάτι άλλο. Ότι έστω κι έτσι δεν έγινε δυνατή η συνεργασία μεταξύ των οργανώσεων, γιατί το ΕΑΜ είχε πάντοτε διασπαστική προσέγγιση προς την ΠΕΑΝ. Αντίθετα με τους συναγωνιστές του, που διαφήμιζαν τη στάση του ΕΛΑΣ. Ως αποτέλεσμα αυτής της νοοτροπίας του ΕΑΜ υπήρξε μια ριζική αλλαγή, δηλαδή η αντικατάσταση της ενότητας του λαού και της συνεργασίας για την Αντίσταση, με διαίρεση, διάσπαση, αλληλοεξόντωση, αγωνία και τρόμο.
Ο Κανελλόπουλος απέδωσε σαφώς το κύμα συνεργασίας με τους Γερμανούς που είχε προκύψει στην Ελλάδα και μάλιστα όταν ήταν πλέον φανερό ότι η Γερμανία πέφτει, στις τραγικές πράξεις του ΚΚΕ, αθωώνοντας τις τραγικές παραλείψεις της ηγετικής πολιτικής τάξης που ο ίδιος είχε επισημάνει νωρίτερα. Γιατί αντί με τον αγώνα του ΕΛΑΣ να φοβίσουν τον εχθρό, φόβισαν τον ελληνικό λαό. Ο Κανελλόπουλος είπε, ο εχθρός δεν φοβήθηκε, αλλά εμείς έχουμε φοβηθεί ο ένας τον άλλον. Φυσικά δεν παρέλειψε να περιλάβει στις τραγικές πράξεις του ΚΚΕ τη στάση στο Στρατό της Μέσης Ανατολής, η οποία οργανώθηκε από το ΕΑΜ, έστω κι αν καταδικάστηκε απερίφραστα από τους εκπροσώπους του ΕΑΜ στο συνέδριο του Λιβάνου.
Μετά από αυτή την πολύ σοβαρή αλλά και άκρως υποκειμενική ανάλυση, ο Κανελλόπουλος ζητούσε την άνευ όρων υπαγωγή του ΕΛΑΣ στην κυβέρνηση του Καϊρου, ώστε να αποτραπεί ο εμφύλιος πόλεμος στη Ελλάδα (Κανελλόπουλος, Τα χρόνια του Μεγάλου Πολέμου, 1964)
Σημειώσεις για τον Εμφύλιο 